防疫站小区位于涿州市华阳路与东大街交叉口北行180米。小区西边挨着三义小学,北边200米是涿州博物馆,东边一路之隔是县府小区,南边距离涿州第二幼儿园290米。
按涿州行政区域划分:防疫站小区属于双塔区街道办事处管辖范围。